Cell封面 | Did Liu再取新跃升：不需要做实验，就能知道基因编辑的结果

尽管DNAPDF被广泛运用于最大限度点突变，但是决定DNA编者结果的诱因尚为不十分清楚。

2020年7年初23日，基恩研究者所Did R. Liu团队在Cell 网络发表篇名“Determinants of Base Editing Outcomes from Target Library Analysis and Machine Learning”的研究者期刊，该研究者在脊椎动物亚基质当中38,538个真核生物整合化学合成上比如说了11个半胱氨酸和核糖DNAPDF（CBE和ABE）的基因组-活性彼此间，并运用于所得结果特训了BE-Hive，这是一种自然语言处理模型，可准确预报DNA编者遗传基因结果（R ≈0.9）和稳定性（R≈0.7）。

研究者其他部门以≥90％的准确度辩解了3388个与疾病相关的SNV，其当中有数675个基因，其“旁观者”碱基被BE-Hive恰当预报，因此未能编者。该研究者断定了在此之前未能预报的C-to-G或C-to-A编者的彼此间到，并利用这些断定以≥90％的准确性辩解了174个病菌性SNV的编码基因组。仍要，该研究者利用BE-Hive的超群来结构设计新颖的CBE变锥体，以通气编者结果。这些断定启蒙了DNA编者，构建了在此之前难以处理方式的最大限度的编者，并为属于自己基本PDF发放了改进的编者特性。

另外，2020年7年初8日，基恩研究者所Did R. Liu及华盛顿大学医学院Joseph D. Mougous协力通讯在Nature 网络发表篇名“A bacterial cytidine deaminase toxin enables CRISPR-free mitochondrial base editing”的研究者期刊，该研究者阐述了一种细菌除此以外毒素，将其命名为DddA，它可以羧酸dsDNA当中胞苷的脱氨。该研究者结构设计了无毒且无活性的split-DddA半分子：DddA分割的一部分糖蛋白（转录激活子样效应子阵列亚基）和甘氨酸糖基化胺类的糅合，产生了无RNA的DddA共通的半胱氨酸DNAPDF（DdCBE），可羧酸人mtDNA当中的C?G到T?A转化成，具有低化学合成抗原和产品。该研究者运用于DdCBEs建模人类亚基质当中与疾病相关的mtDNA突变，从而引发呼吸速率和氧化磷酸化的改变。分别为CRISPR的DdCBE可以简单随心所欲mtDNA，而不是扫除因被载锥体核酸酶切割而产生的mtDNA拷贝，这对线粒锥体疾病的研究者和潜在用药具有广泛的意义。

2020年6年初29日，基恩研究者所Did Liu在Nature Biotechnology 网络发表篇名“Programmable m6A modification of cellular RNAs with a Cas13-directed methyltransferase”的研究者期刊，该研究者证明了具有截短的METTL3丙基分散酶糖蛋白或者是METTL3：METTL14丙基分散酶复合物与核适配dCas13糅合锥体，可以对亚基质质RNA顺利完成抗原m6A掺入，而前者的糅合亚基脱靶活性同样低。跨多个启动子的独立亚基质一原理断定，这种载锥体RNA选择性（TRM）控制系统以低抗原抑制了有效的m6A配备在内源RNA转录物当中。仍要，该研究者表明TRM可以诱导m6A抑制的转录本丰度变化和可胺类剪接。这些断定将TRM确立为运用于载锥体转录组工程项目的工具箱，可以阐释单个m6A修饰的起着并研究其特性起着。

2020年6年初22日，基恩研究者所Did Liu团队在Nature Biotechnology 网络发表篇名“Genome editing with CRISPR–Cas nucleases, base editors, transposases and prime editors”的研究报告篇名，该研究报告首先阐述已比如说的Cas9和Cas12核酸酶的天然反转锥体，并简要介绍具有扩大的载锥体范围和抗原的Cas9和Cas12核酸酶反转锥体的开发结构设计。整整，该研究报告讨论DNAPDF的开发结构设计和应用领域，这些PDF可简单配备点突变而无需遗传物质DNA断裂（DSB）或NADDNA模板。仍要，该研究报告回顾了新兴的CRISPR–Cas真核生物编者工具箱，有数抑制大片段DNA重排的Cas转座子和重组酶，以及主要PDF，它们以转用值得注意DNA基因组的手段直接将编者后的基因组加载最大限度DNA启动子。

真核生物DNA当中载锥体碱基的编者是研究者和用药应用领域的一项关键诱因特性。单碱基变锥体（SNV）达占已知免疫基因的一半，因此有计划性的点突变可以增进遗传病的研究者或潜在用药。在此之前，研究者其他部门开发结构设计了半胱氨酸DNAPDF（CBE）和核糖DNAPDF（ABE），它们协力构建了所有四个过渡时期点突变的载锥体（C→T，T→C，A→G ，以及G→A），并具有很低的希望转用率与不希望的插入和辩解（indels）百分比。

DNA编者的实用性启蒙了具有不同属性的DNAPDF变锥体的开发结构设计。迄今为止，通过研究少量真核生物启动子的编者结果来搜集这些属性，一般而言可选择这些启动子与早先的真核生物编者研究者相吻合。但是，DNAPDF和最大限度基因组之除此以外的相互起着会以复杂的，有时是不直观的手段影响编者结果。结果，得到具有所需稳定性的所需遗传基因一般而言需对每个化学合成顺利完成DNA编者和单向导RNA（sgRNA）可选择的经验优化。

某些不适合运用于DNA编者的规范准则的可行最大限度可能会被忽略，因为运用于最大限度可选择的简单准则未能完全俘获DNA编者的范围。对DNA编者的基因组和脱氨酶彼此间到顺利完成控制系统，新一轮的研究将增强我们对DNAPDF的表达出来，增进它们在简单编者应用领域程序当中的运用于，并指导属于自己DNAPDF的开发结构设计。

篇名模式图（图源自Cell ）

在这项研究者当中，研究者其他部门开发结构设计了包含38,538对sgRNA和靶基因组对的文库，并将它们整合到三种脊椎动物亚基质各种类型的真核生物当中，以新一轮比如说8种流行CBE和ABE的DNA编者结果和基因组-活性彼此间。研究者其他部门研究了脱氨酶，基因组背景和亚基质各种类型在确定DNA编者产生的遗传基因当中的起着，并开发结构设计了一种自然语言处理模型，可以在任何最大限度位置准确预报DNA编者结果，有数许多在此之前必定预报的特征。

利用所得信息，研究者其他部门应用领域了各种DNAPDF（有数新近结构设计的变锥体），将3388个与疾病相关的SNV的遗传基因和2399个编码基因组准确地校正为野生型（≥90％的精度），有数通过非规范的DNA编者结果。这些断定大大扩展了我们对DNA编者的表达出来，并阐释了属于自己和早先阐述的DNAPDF的插件。

值得注意来历：

Andrew V. Anzalone, Luke W. Koblan & Did R. Liu, et.al. Genome editing with CRISPR–Cas nucleases, base editors, transposases and prime editors. Nature Biotechnology volume 38, pages824–844(2020)