Cell | 建立人类树突状细胞核与辅助性T细胞核相互作用模型

细胞核-细胞核耦合极度复杂，包含大量化学键与瞬时渠道，学界研习多年，仍旧是管中窥豹。来自法国巴黎PSL研究课题大学的Vassili Soumelis的团队于在Cell刊物上刊登月出版A Quantitative Multivariate Model of Human DendriticCell-T Helper Cell Communication的篇名，组织起来了实验者与分析工具为基础的研究课题工具，实验者上，在蛋白质水平扫描了细胞核所分泌物的细胞核因子与应激反应；分析工具上，组织起来了瞬时输入输出间的联系和耦合亲密关系。写作者以人类所树突螺旋状细胞核（Dendritic cell，缩写DC）与；也T细胞核（T Helper cell，缩写Th）间的耦合为研究课题对象，分析了36亦然DC无关的瞬时化学键和17种Th分泌物的细胞核因子，并只能靠这些数据库组织起来数学数学方法，演算出56种已经被实验者猜测的细胞核相互亲密关系，与此同时，还断定出290种可能亲密关系，并猜测了IL-12p70可以通过IL-1瞬时渠道诱发17型；也T细胞核（缩写Th17）。首先，写作者采集了人类所单核细胞核是从的DC（MoDCs）和外周血液CD11c+DC（bDCs）两类细胞核，并诱导24全程。所运用于的诱导瞬时主要包含三大类一共14种。第一种：内源瞬时化学键，包含干扰素beta（interferon β，缩写IFN-β），GM-CSF， TSLP和 PGE2；第二种：Toll样特异性的配基，包含Toll4特异性的抑制脂多糖（ lipopolysaccharide，缩写LPS），Toll1/2特异性抑制PAM3CSK4，Dectin1抑制Curdlan，Toll2/Dectin1抑制 zymosan，Toll7/8特异性抑制R848，Toll3特异性抑制 poly(I：C) 和NLRP3炎症小体活化剂铝钾；第三种：细菌病毒，包含受热灭活的Candida albicans （缩写HKCA），李斯特菌（Listeria monocytogenes，缩写HKLM），Staphylococcus aureus （缩写HKSA）， Streptococcus pneumoniae （缩写HKSP）和HIV（influenza virus，缩写flu）。年中，写作者通过流式细胞核术等工具，扫描了36种DC无关化学键的传达具体情况，其中，29种东南面细胞核表面，7种东南面细胞核分泌物上清中。结果显示，除了一些已知的DC细胞核响应之外，写作者还有了一些一新找到：（1）zymosan诱导的MoDCs 传达高水平的CD54 和PVR；（2）HIV诱导的MoDCs可以诱发ICOSL；（3）LPS诱导的MoDCs 可以诱发高水平的CD30L和CD83。日后都已，写作者将这些诱导过的DC与T细胞核大一6天，随后扫描Th的增殖效率以及17种Th无关细胞核因子的传达分泌物具体情况。古怪的是，写作者将Th和DC的表现相互比较，找到，这二者间却是存在一一对应的亲密关系，意味着，两种诱导物对DC显现出的视觉效果相近，但是，这两种诱导物所解决问题的DC与T细胞核大一之后，显现出的视觉效果很可以截然不同。接着，写作者运用于生物信息学的工具，以上述实验者数据库组织起来数学方法。简单来说，写作者综合DC输出的36种瞬时化学键和Th输出的17种效应化学键，将两两间的亲密关系简化为“持续性抑制”和“倒数第向抑制”两种，并且，还加入数据库库和已刊登文献中的信息，组织起来了复杂的瞬时抑制网络。亦然如，通过这一数学方法，写作者找到， IL-10的倒数第向抑制化学键包含OX40L， 4-1BBL， IL-12， TNF-α， CD58， VISTA，Galectin-3， CD80， CD29， IL-1， ICAM-3， SLAMF3， IL-28a和CD83，而持续性抑制化学键包含Jagged-2， PDL1， IL-10， CD11a， HLA-DR， ICOSL， CD100， CD30L， CD18， ICAM-2和CD86，这样，给予DC不同的诱导瞬时，写作者就可以推断出Th响应细胞核IL-10的传达分泌物具体情况。最后，写作者利用这样数学方法，试图断定并猜测一新细胞核相互亲密关系。通过组织起来的数学方法，写作者找到，IL-12在与IL-1， ICAM-2或者Jagged-2共同分泌物时，倾向于抑制IL-17F，而与CD70， IL-23或者 LIGHT 共同出现时，则更倾向于抑制IL-17A。另外，敲除IL-12，IL-17A和IL-17F的传达水平都许多现代降低。这些结果说明，IL-12参与Th17的诱发分化。为了进一步探讨IL-12诱发Th17的必要，写作者运用于体外诱发Th的数学方法，找到，IL-12却是能这样一来诱发Th17，但是，同时加入IL-1和IL-12，Th17就诱发出来了。这是一篇实验者与分析工具为基础的成名作。实验者结果与测算数据库分析相互支持，相互指导，相得益彰。如下图所示，实验者部分运用于了密切关联两部分数据库，一是何种诱导下DC细胞核的响应，二是响应后的DC对T细胞核的作用。分析工具部分以DC和T细胞核的输出细胞核因子为核心，组织起来了细胞核因子间的持续性和倒数第向抑制网络数学方法。通过这一数学方法，写作者具体来说一些一新细胞核间相互亲密关系，最终日后用实验者猜测这些亲密关系是否属实。这篇篇名的亮点有两处，一是组织起来和实验者分析工具为基础研究课题的范本，二是篇名中提供的诸多细胞核抑制信息以供研究课题概述。原始出处：Grandclaudon M1, Perrot-Dockès M2, Trichot C1, et al.A Quantitative Multivariate Model of Human Dendritic Cell-T Helper Cell Communication.Cell. 2019 Oct 3;179(2):432-447.e21. doi: 10.1016/j.cell.2019.09.012.